戰後第十六年七月上旬某日，東瀛國的長門級戰列艦“涼宮號”罔視唐國主權，正在唐國北方的北海海域進行演習，耀武揚威。
艦隊司令“長谷川”忽得該國軍令部的緊急密電，急與另外四艘驅逐艦結成臨時編隊，星夜南下，追蹤某艘進入東瀛海域的黑色神祕艦艇。
依據泰西列強背書的《永久和平條約》，世界大戰之後的“海軍假日”裏，列國削減海軍軍備，當今世界各國政府統共只保有七艘海上魔山般無堅不摧的戰列艦，稱爲“七巨頭”，東瀛國有其二。
一者曰“長門”，一者曰“涼宮”，乃是東瀛的一對“長門級”姊妹艦。
考量火力、航速、防護等等各項指標，“長門”是人類綜合指標第一戰列艦，“涼宮”乃人類綜合指標並列第一的戰列艦。
這背後，凝結了東瀛付出舉國之力建造的心血——除了工匠竭力，將士用命，另有皇族省喫儉用，典當金珠首飾，平民小學生忍痛交出壓歲錢，少女輟學爲國赴南洋賣身籌款等等奇聞。
“漂洋之城兮衛櫻邦，無堅不摧兮真國寶；
火炮轟鳴兮風雷催，皇國布武兮萬里濤！”
到了次日午時，長谷川司令率領的涼宮艦隊即將返回東瀛國的“邪馬臺海峽”。繞過海峽，至首都瀛京便一路無阻。
軍樂團在涼宮號的甲板上鳴奏起了振奮士氣的海軍軍歌，敵就在附近！
邪馬臺海峽氣候惡劣，經年濃霧不散。此時雖然旭日當空，海峽一帶黯淡無光，猶如陰曹地府；礁石嶙峋，風高浪急，萬千怪聲迴盪，好似百鬼出沒。
十六年前的世界大戰，東瀛海軍就藉此地地利設下陷阱，全殲了羅剎國陣營的遠東艦隊，讓米旗國陣營捏鼻子承認了東瀛新興大國的地位。
但即便到現在，東瀛艦隊本身也不敢再次輕入此地。
邪馬臺海峽一帶，無線電信號全部失靈，信號燈與瞭望員的作用也等同於玄學。
十六年前的勝利是天助神佑；
十六年後是否仍有天助神佑，本代艦隊司令長谷川不得而知，但這次祕密任務，他帶了J機關的A級獵人調查員，特別領水員“城之內”。
——憑着城之內的超凡能力“追蹤A”，“涼宮號”就有了一對周知海域，讓敵人無所遁形的眼睛。
然後的一切就交給“涼宮號”的主炮吧。
——長門級戰列艦長二百米，寬三十米，護甲可以承受上百發陸軍馬鹿的火炮炮彈。
她的四座雙聯裝16寸炮，射程五公里，火力足以轟平世界上的一切鋼鐵軍事要塞，何況是那艘小黑船。
“歐、歐、歐、歐！”
濃霧裏，時不時傳來海鳥的聲音。
城之內是一個嘴巴前凸的醜怪男，平常都帶着鳥嘴面具，他領一份J機關的薪水，憑對艦隊的貢獻，從海軍部那再領一份津貼。
此時城之內已經發動了“追蹤A”，出沒邪馬臺海峽一帶濃霧的海鳥都和他的精神網絡連接在了一起，
之前，城之內海鳥在這裏發現了疑似黑船的物體，現在長谷川詢問他那艘黑船的詳細狀況。
城之內的眉頭緊鎖，斟酌道，
“那艘黑船像一條擱淺的鯨魚，躺在海峽的礁石叢裏。”
長谷川司令臉色稍霽道，
“一個靶子而已。”
“但是，從黑船的上面，長出奇怪的珊瑚來，在海洋上增殖，有一片溼地森林那麼密，附近水族正不斷被吸引過去，被黑船的珊瑚殺死、吸收
——邪馬臺海峽在一點點染紅。”
城之內道。
“讓‘炎上號’靠近，魚雷試探。”
長谷川司令下令，涼宮艦的信號燈向編隊的其他軍艦發出指令，四艘驅逐艦前出了一艘打先鋒。
城之內人仍然在涼宮上，他的海鳥引導“炎上號”驅逐艦進入。
驅逐艦長百米，寬十米，行動又輕又快。
“轟”、“轟”、“轟！”
濃霧裏傳來“炎上號”的魚雷連綿不絕的命中聲音。
彷彿從幻海逃遁之後，培理失去了所有的精氣神，真像一條動也不動捱打的死魚。
“黑船在漏水了，船體開始30°傾斜，一點點下沉！那些奇怪的珊瑚也跟着黑船一道向海裏面沉。”
城之內用海鳥的眼睛看到，他又和長谷川互視一眼，兩人都放下心來。
長谷川道，
“沒有石油，一條船喫些水產，能補充什麼動力——‘涼宮號’靠近，我們把黑船撈上來。”
——看來不需要動用涼宮號的主炮了。
——軍令部給長谷川的命令是：得到黑船，交給海軍的技術部門解析研究；如果不能夠，就將其摧毀，阻止任何其他實力得手。
在這個地形崎嶇、氣候惡劣的海峽，涼宮也無法發揮出完全的主炮的火力，不可能在5公里外對黑船進行非接觸式解體打擊，只能靠近到目力範圍作戰。
現在，不戰而得黑船，是最理想的情況。
“涼宮號”接近了目標，但依照長谷川的指令，所有炮手仍舊嚴陣以待。
這次，城之內和長谷川不是靠海鳥，而是用望遠鏡就確認了被“炎上號”的魚雷打擊的黑船模樣
——他們眼前的這艘船超出了工業品的概念，猶如鋼鐵和生物體結合的不可名狀的怪物。
——黑船上枝枝丫丫地長滿了血紅的珊瑚叢，四座艦炮就像四張海獸的血盆大口。
——城之內無法想象，調查員協會幻海站的那些泰西調查員該擁有多麼不可思議的超凡能力，才能在沒有重武器的情況下，重創和趕走這個怪物！
——泰西人簡直如同神明。
——東瀛要挑戰永久和平會議上泰西人奠定的世界秩序，不但要積蓄國家的工業力，同樣需積蓄神祕資源，才能真正和他們一較高下。
不過，他很快回到了現實，一切都要結束了。黑船在一點點地沉下去，最後黑船還是被東瀛撿到了。
海軍絕對不會交出這件寶物，就讓那些外交官們和泰西人磨嘴皮去吧。
“海軍一直想利用神祕資源建造一座‘海之神兵’，未來我們和泰西人爭雄的決戰兵器——黑船一定能讓我們的科技突飛猛進。
多謝你了，城之內君。”
長谷川司令也終於露出了笑顏。
此時，邪馬臺海峽陰雲層層的天空開始瀝瀝地下雨。