隨着光明教軍被夏王的精兵徹底擊敗，光明神教教主帶着一干高層，準備隱匿起來，韜光養晦，等待東山再起。
但是早就被光明神教給壓制了數十年之久的術道宗派，終於找到了發泄口，他們紛紛組織起來，形成了一個臨時的聯盟，共同圍剿鼠竄的光明神教高層，當然了，這裏面也有九龍內衛的暗中操控和慫恿，不過光明神教自己也是惡貫滿盈，終有此劫。當時足足有四十多個宗派，聯手將光明神教的高層追殺圍剿在渭州、秦州一帶的天都山脈裏。
若是放在平時，那些宗派還真不敢對付光明神教的人，畢竟光明神教是自萬邪血難後，最爲厲害，最是兇狠的一股宗派勢力了，教內高手如雲，精銳如海，如果是平常時候，即使是這四十多宗派的聯手，也不過是給光明神教添了一道飯後的甜點罷了，可是如今光明神教的精銳盡失，只剩下一些倖存的高層，所以他們全都站了出來。
爲了能夠讓那些沒有經過實戰的教民，更好地發揮戰力，光明神教將那些精銳戰力，大部分都分散到各個部隊之中，負責指揮控制。只可惜誰也沒有想到，夏太祖會如此有魄力，居然敢冒着京師老巢可能被人端掉的風險，帶着九萬精兵，趕來鎮壓光明神教的造反。這等魄力，即使是孤注一擲，決心造反的光明神教的教主，都有些不敢相信。
面對着夏太祖身經百戰的九萬精兵，號稱四十萬的光明教軍如同紙糊的老虎，被瞬間戳爛，四十萬軍隊被九萬夏軍打得幾乎全軍覆沒，光明神教的八大鐵衛基本全部被滅，中下層的骨幹遭到毀滅性的打擊。就連光明教主的三百人的親衛隊，都被搭進去了，只剩下了光明教主和他的部分親信，見機的快，逃跑離開了。
不過現在他們也沒辦法逃離了，四十多個宗派，將近千餘名術道高手，將天都山的各大出口全部封鎖得死死的，而且一旦發現敵情，立刻以特製的靈符聯絡，可以說是包圍得異常嚴密。光明教主和他的親信在天都山的絕光峯，與聯盟的高手決一死戰。光明教主到底是一方梟雄，他力戰六大聖賢，殺二，重傷二，還廢掉一人，最終被人亂刀砍爲肉醬，慘死當場。而他的親信們，除了被九龍內衛故意放走的吳不朽之外，就都全部被殺，原本兇名一時的光明神教便消失在了歷史的長河之中。
在光明教主被亂刀斬殺，其殘黨也幾乎被一網打盡之後，原本就是臨時的聯盟，立刻土崩瓦解，那些宗派爲了爭搶光明神教留下的地盤，原本上一刻還在精誠合作的兩個門派，可能下一刻便刀兵相向，劍拔弩張。而且九龍內衛也有意挑撥這些宗派不合，讓吳不朽的逃離顯得更加不顯眼。爲了讓吳不朽有實力能夠真正的東山再起，九龍內衛還給留下了半部光明神典。而吳不朽也非常“爭氣”，帶着那半部祕典，從此便消失在了術道之中，直到十年後再度出現，再度在術道掀起了腥風血雨。
當時吳不朽神功大成時，只有兩三人陪在他的身邊，那時若有人能夠出手，恐怕也不會有現在的黑蓮教，可是九龍內衛爲了能夠有插手術道的藉口，故意在初期暗地裏爲吳不朽提供保護，甚至必要時，還會給提供各種便利的支持。可是誰也沒有想到，黑蓮教會發展得如此之快，等到九龍內衛的高層注意到時，事態已經不可控制了。
黑蓮教已經如同瘟疫一般，在諸多道府州縣擴散開來，而且比起張揚的光明神教，他們更加隱祕。更重要的是，光明神教是大肆拉攏收納貧苦百姓入教，而黑蓮教則將重點放在了富商鄉紳和官員身上，他們利用各種手段，拉攏策反蠱惑地方的富商鄉紳入教，並腐化各層官員，下到地方的胥吏，上到內閣六部，都有他們的人。這樣一來，九龍內衛可謂是投鼠忌器，因爲即使爲皇權服務的九龍內衛，想要打擊黑蓮教，也必須要有地方和官員們的支持，否則會處處受制。
到了上任魁首當上馮家家主之時，黑蓮教的明面勢力，已經不比九龍內衛遜色多少了。而且九龍內衛也面臨着朝廷和皇室的不信任的問題，行動大大受到限制。
當初夏太祖能剿滅帶有大量光明術士的叛軍，正是因爲接納了九龍內衛，得到了大量術士的幫助，才能夠剿滅掉有着大量邪道高手助陣的光明叛軍。而在那之後，九龍內衛更是幫助夏太祖剿滅了無數邪教，對付了無數敵對勢力的術士。在南征江南兩淮時，鎮壓了綽號“水仙”，有着淮王支持的太平宗。平定荊湘時，滅掉了當地盤踞已久的排竹教。在收復西南時，對抗南方巫門中，效力於成王的巫蠱教。
而九龍內衛最爲出名的兩戰，莫過於對抗西厲歡喜宗和天狼帝國的薩滿教。夏太祖征服南方絕大部分地區後，開始朝着西北和遼東開拔，首先要做的便是攻下當時已經投靠西厲的靈王的西北五州。作爲當時各地中勢力最小的靈王，他見到夏太祖稱帝併成功拿下中原和大半個南方之後，便知道對方的下一個目標不是自己，便是遼東。於是靈王非常乾脆地降了西厲，而西厲也派來了十萬精銳和歡喜宗的大批高手，協助靈王。
西厲國中密宗是國教，而歡喜宗這個脫胎於密宗的邪門宗派，一直被打擊壓制，可是密宗並不願意過多地參與對抗敵國的戰爭中。而此時西厲皇室便暗中聯繫上了歡喜宗，提出給予其庇護的條件，換取歡喜宗對皇室的效力。而歡喜宗雖說逍遙自在慣了，可是披着官衣去作惡，顯然也是個不小的誘惑。再加上密宗對他們的鎮壓，一年比一年嚴苛，所以歡喜宗的大喇嘛和西厲皇室一拍即合，立刻成了對抗大夏軍的馬前卒。