宋建炎元年五月，大宋北伐軍凱旋陳橋驛，三大主將領全軍十餘萬將士奏請天子禪位魯王，宋朝最後一位皇帝，第一位女皇帝趙嬛嬛欣然應允，頒下禪位詔書，祭告宗廟後，便將帝位傳位魯王扈嵐。
扈嵐得承帝位，詔命羣臣，建號大元，定都燕京爲中京，仿宋例定五京，以會寧府爲北京，開封爲南京，山東濟州府自己發跡之地爲東京，山西太原府爲西京。三娘定五京，首次有關外州府爲京，又將都城定在燕京，顯示了她想要控制北地，徹底斷絕來自漠北遊牧族的威脅。
本來羣臣大多都反對遷都燕京的，原因很簡單，燕京那裏人口太少，水運漕運也不及開封便利，實在不是帝都的首選，但三娘還是力排衆議，定下便在次年遷都，便還有一年時光準備。
定下國號與國都之後，三娘改年號爲宣武，以次年爲宣武元年，冊封魯王世子扈宗明爲太子。改宋朝官制，建立元朝官制，正式建立中書省總理政務，以太子扈宗明爲中書令，此後中書令均由元朝皇太子兼領，定爲虛銜。中書省長官，中書令以下，設左、右丞相爲實任的宰相，以宗澤爲左相，宿元景爲右相。下設平章政事四員、左右丞各一員、參知政事兩員爲副相，以李綱、黃裳、汪藻、楊時爲平章政事，黃文炳爲左丞，婁敏中爲右丞，聞煥章、高俅爲參知政事。
扈元朝的中書省自中書令以下，實權人物共有十人，便是替皇帝掌控全國軍政大事的中樞，中書省也被後世稱爲十人內閣，得入中書省的都頂着各殿大學士的名號，後爲常例。
軍事上，三娘保留了樞密院，設樞密使正副各一人，以种師中爲樞密使，盧俊義爲樞密副使，种師中年事已高，其實樞密院的實權都在盧俊義手中。再設樞密院同治六人，分別委以關勝、岳飛、林沖、王稟、王彥、呼延灼六人出任。樞密院在三孃的官制體系中更偏向實際領軍作戰，自扈元朝開國之後，每遇戰事都是樞密院內將領出徵領軍作戰。
樞密院內還設參謀部、情報司、海軍部三個要害部門。參謀部便是樞密院評估周邊諸國實力，推演與假想敵作戰方略，擬定各種作戰計劃，編練天下軍馬之地。情報司顧名思義便是蒐集情報的地方，情報司是偏重軍事情報蒐集，處於明面上的情報機構，而錦衣衛始終是三孃親自掌管的大內情報機構，二者互不重疊。海軍部便是掌管天下海軍的部門，編練天下海軍、內河水軍，沿岸、沿河防務都屬這個部門。
參謀部便是朱武爲首，官拜樞密院僉事，下首有唐斌、文仲容、孫安、李應、朱仝、楊志六員大將爲輔，官拜樞密院院判。情報司以燕青爲首，官拜樞密院僉事，下首馬靈、鄭鷹、時遷、白勝四人爲輔，官拜樞密院院判。
海軍部以李俊爲首，旗下轄四大海軍艦隊並長江、黃河兩大南北水系內河水軍。四大艦隊便是北海艦隊、南海艦隊、東海艦隊以及遠洋艦隊，分別以阮小二、阮小五、阮小七、張順爲提督，總領四大艦隊，“赤須龍”費保、“捲毛虎”倪雲、“瘦臉熊”狄成、“太湖蛟”卜青四人分爲四大艦隊副提督。另有張橫爲內河水師總提督，童威童猛兩兄弟分別爲南北水師提督。
樞密院下設六部，與宋制相同，也一般的是吏部、工部、戶部、禮部、刑部、兵部。每部尚書改爲一員，每部侍郎改爲六人，每部配屬簿書、文吏、算官若干。
凡分受官員稟奏，吏部主管封賞之外，還要管各地官吏的任免、官吏的年績核考、官吏升遷降職等事務。與宋制不同的是，三娘將各州縣小吏也定了品級，正式納入官員體系，也一般的有升遷調度，而不是像宋朝那樣，小吏永遠只是小吏，幹了幾十年還是一個小吏，而且小吏也能通過考覈正式升任官員，只不過考覈的內容比較變態，難度很高，除了在任時候的政績之外，還要有一技之長，然後是嚴格的考試，考試題目自然是類似後世的公務員考試，只不過扈元朝的公務員考試更注重實用。
戶部主管全國錢糧、人丁口數、農田土地數目、各軍甲器、各種牲畜數目等，總之戶部不僅承擔了後世統計局的差事，還兼着漁業部和農業部的差事。本來三娘想要一次性把後勤部和農業部單獨剝離出來，但總覺得一下子搞出八部來也太過繁瑣，還是精簡些機構較好，是以在戶部下設了漁業司和農林司。
而兵部這次官制變動最引人注目的就是兵部之下設立的兵甲司和後勤司，這兩個司部承擔的職責便是把各軍統軍將領手中的權力剝了過來，錢糧甲器一應軍中所需今後由戶部這兩個司承擔，就不再是一軍將領掌控全軍的錢糧甲器了。這也是三娘早早的把防止手下將領坐大的手段使了出來，只要控制住一軍的錢糧甲器命脈，再強的將領也不能掀起什麼風浪來，這也意味着三娘對全國軍隊的控制更加嚴謹了，今後軍隊便是國家的軍隊而不是哪一個將領的軍隊了。
同時戶部還加入了關稅司，也就是負責海外貿易的關稅收取，海商出海必須先交關稅，而將後來的市舶司功能都加在了關稅司的職責上。
禮部承擔的職司不便，還是禮樂之事、科舉之事和涉外之事，三娘特別加重了理藩院的職責，並規定今後前來朝拜的藩屬之國，在還禮之時，定是要公平交易，三娘可不是那些抱着天朝上國的思想，別國進貢一些土特產，然後天朝上國爲了面子問題，就賜下一些絲綢、茶葉、瓷器等等，每次朝貢還禮都是虧本的。
刑部除了掌管刑罰之外，三娘設立了監察司，主要就是負責監察百官的規行。同時刑部被剝奪了頒佈刑法的權利，刑部今後就只管查案、審案、斷案，扈元朝所有的法令皆由中書令頒佈。刑部多出的一個司部是警察司，刑部掌管的警察司負責管理各地設立的警察所，就是負責維持地方治安。
工部的職司除了之前的興修水利、修橋鋪路、營造屋宇、宮殿、城垣之外，三娘新設了火器司、船舶司、機械司三個司部。火器司就是負責製造、研發各種火器、火炮、火藥的司部，該司部早在山東路時就存在，當時的山東路的工匠們都被集中到一起，專門修繕火器和配製火藥，如今只是正式掛牌而已。船舶司也是在山東路時就有，負責管理船隻、建造船隻。同時船舶司還要該管內河航運往來的各種船舶，也算是江海事局的前身。機械司負責的事也不少，從礦產勘探到開採、冶煉，以及各種機械的製造等等。
六部官員和屬員大都是由山東路出身的文官擔任，他們在山東路實行的新政已經有了很好的經驗，接下來只是推廣全國的問題而已。而梁山出身的老兄弟中，只因很多都是武將出身，是以在六部擔任官職的並不多，只有穆弘爲兵部尚書，韓韜、彭玘、黃信、孫立等人在兵部任侍郎，鐵面孔目裴宣爲刑部尚書，蔡福、蔡慶在刑部任職，九尾龜陶宗旺在戶部農林司任職，孟康在船舶司任職，湯隆在兵甲司任職，金大堅、蕭讓在禮部任職。
其餘梁山老兄弟都是武將出身，三娘在全國設立了東西南北中五大軍區，負責統領天下兵馬，負責戍邊和保衛地方。其餘梁山武將及田虎、方臘麾下降將都在五大軍區之內擔任軍職，此間就不一一贅述。總之三娘爲跟隨自己的一干老兄弟都安排好了，除了擔任軍職之外，三十六天罡正將都按戰功封了侯爵或伯爵之位，其餘將佐或封男爵、子爵，都有爵位封賞。
扈元朝將地方行政體系也做了改變，將宋朝的一路行政單位改爲行省，比如山東路改爲山東行省，三娘還是習慣用行省劃分地方行政區域，而沒有沿用宋朝的什麼一路軍州。行省之下便是府，府之下是州，州之下是縣，縣之下是鄉，鄉之下便是村。三娘在地方管治上一改前朝通病，那便是縣以下便沒有很好的管治，多是鄉民自治。扈元朝在縣之下還設了鄉和村兩級單位，鄉長和村長一般也是由村民自己推選，不過朝廷加入了監察和政績考覈，同時也給朝廷俸祿，對縣以下更小的地方行政也有效管治了起來。
同時三娘還設立了御史監察臺，負責監察全國官吏，設立了宗正府管理宗室以及各級爵位的公侯們，設立宣政院管理天下教義，設立了宣慰司負責管理少數民族事務。而公孫勝、魯智深、武松等出家人多被封了護國真人、國師等職位，便在宣政院內任職。
而一應女軍們也在朝中設了官職，允許女子出任朝中官職，雖然朝廷允許女子出任官職，但真正在朝廷任職的也只是瓊英、孫二孃、龐秋霞、顧大嫂等跟隨三娘起家的女將，很少有女子真正通過科舉考試做官的。直到後來三娘之子扈宗明繼位後的第五年上，才正式有第一位元朝女子正正經經通過科舉做官的，到扈宗明登基十年後纔出現了第一位科舉女狀元，那都是二三十年之後的事了。