第三種傳聞是張祥“爲天地會復仇”說。 .
傳聞說，張祥曾經是湘軍鮑超部下。鮑超是有名的湘軍將領，其部號稱“霆字營”，爲湘軍主力，不過軍紀敗壞，經常公然掠奪地方民衆，號稱“所過殘滅如項羽”。張祥加入霆字營後，由於作戰勇猛，受到鮑超賞識，被提拔爲新兵營哨官。當時湘軍內部時興結盟自保，不少人都是哥老會成員，霆字營也有哥老會組織，張祥加入了哥老會，併成爲一個小頭目。湘軍後期，霆字營受哥老會煽動，在湖北金口鬧餉，發生譁變。張祥趁亂逃到天目山，躲進一座寺廟裏。剛好寺廟長老是天地會首領，以出家人的身份做掩護，指揮山下的天地會從事反清復明的活動。張祥知道真相後，加入了天地會。後來馬新貽任浙江巡撫，在寧波、台州大肆“剿匪”，捕殺了不少天地會成員。寺廟長老十分痛心，便委託張祥殺馬新貽爲天地會會友報仇。
這是第一個公然將刺馬案與湘軍聯繫起來的傳聞，這是我認爲較靠譜的一個版本。
第四種傳聞是“洋教”說。
傳聞說，馬新貽在海與小刀會作戰時受了傷，在董家渡醫院治療時受洗加入了天主教。他任兩江總督後，與法國天主教江南教區的主教郎懷仁來往密切，關係極爲特殊。安慶教案發生後，法國駐華公使羅淑亞到江寧同馬新貽交涉，馬新貽對羅淑亞極其友好，一切照法國人的要求辦理。事後，馬新貽與安徽巡撫英翰聯銜發佈告示，極力宣揚天主教的善行，勸人維護外教，並勒石豎碑保衛天主教。馬新貽又派兵保護在江寧等地的天主教堂。同治九年（1870），江寧發生反洋教活動，組織者是提督陳國瑞。陳國瑞還得到了江蘇布政使梅啓照的暗支持，幫助印刷了大量宣傳傳教士殘殺國幼童的材料。馬新貽知道後十分生氣，派兵捉拿陳國瑞。陳國瑞逃離江寧，經揚州到天津，參加了反洋教的活動，並得到了醇親王奕的支持。天津教案發生後，法國傳教士及駐華公使公開以武力威脅，要求懲辦陳國瑞，但由於醇親王的庇護，被軍機處敷衍過去。馬新貽被刺殺後，傳教士反應強烈，鎮江城裏的傳教士還公然爲他搞悼念活動。剛好張祥供詞有“養兵千日，用兵一時”的說法，又因爲如沒有內線指引，張祥根本無法進入馬新貽由校場回署的箭道，不可能在光天化日之下、在刀槍林立之，一刀殺了兩江總督大人。於是，江寧城又流傳着是醇親王奕和陳國瑞指使張祥刺殺了馬新貽。而更爲離的是，陳國瑞後來被髮往黑龍江齊齊哈爾當差，於光緒八年離死於黑龍江戍所，風傳他是被人殺死。
曾國藩本人是在天津教案栽了個大跟頭，與洋人有關的一切都令他避之如虎。而醇親王奕是恭親王奕?親弟，慈禧太后親妹夫，正受太后力捧，廣結八旗子弟，整頓神機營，隱有制約湘、淮兩軍的用意，是個絕對碰不得的人物。因此對於這個版本的故事，他不願意相信，也不敢追查。
第五種傳聞是“督撫不和”說。
傳聞說，是江蘇巡撫丁日昌花三千兩銀子買通張祥，謀殺了馬新貽。
江蘇巡撫爲兩江總督下屬，管轄蘇州、松江、常州、鎮江四府和太倉直隸州，駐在蘇州。之前，太湖水師哨勇徐有得、劉步標陪同哨官王有明到蘇州看病。當晚，徐有得、劉步標二人閒逛妓院，剛好遇到丁日昌族人都司丁炳、範貴等人。雙方因爲爭奪一名美貌妓女起了衝突，打起架來。剛好蘇州親兵營遊擊薛蔭榜帶兵巡夜，將滋事的雙方都抓了起來，各打四十軍棍，以示警戒。偏偏徐有得很不服氣，結果又被加打了四十軍棍。這件事此了結。
不料四天後，徐有得傷重而死，事情一下子鬧大了。江蘇巡撫丁日昌爲了表示自己公正，主動奏，自請議處。此時他還不知道當天晚在妓院參與打架的還有自己的兒子丁蕙蘅（時爲候補道員）和侄子丁繼祖，後來知道事情經過後，後悔莫及，但也無可奈何。
朝廷將案件交給了兩江總督馬新貽處理。馬新貽接案後，倒也十分認真地秉公處理，但丁蕙蘅始終不肯來江寧投案，派人前去傳喚，丁日昌則推託說兒子夜裏越牆逃匿，不知去向。而實際，許多人親眼見到丁蕙蘅在巡撫衙門進進出出，毫無顧忌。這期間，丁日昌多次向馬新貽請託，希望他高擡貴手。馬新貽認爲丁蕙蘅拒不投案是故意藐視自己，又因丁日昌是曾國藩親信，十分警惕，置之不理。是從這個時候，“督撫不和”的故事開始廣爲流傳。
由於丁蕙蘅拒不到案，此案拖了將近一年也無法結案。馬新貽十分惱怒，決定強行結案，將丁炳、薛蔭榜、丁蕙蘅、丁繼祖等人都處以革職，並判出款一萬兩白銀以安置死者。丁蕙蘅仗着父親是江蘇巡撫，堅持不肯歸案，馬新貽也有辦法處理，奏請交朝廷議處。
以全部是真事。四十天後，馬新貽遇刺。最可疑的是，馬新貽遇刺當天的閱射，按照慣例總督和巡撫都要參加，但江蘇巡撫丁日昌卻並未到場。他已經在刺馬案發生前夕自蘇州趕赴天津。
不過，丁日昌趕赴天津卻是奉旨所爲。當時，曾國藩處理天津教案不力，被全國下痛罵，曾國藩感到難以支撐，便奏請求另派大臣赴津協同辦案。於是清廷選了有“洋務能員”之稱的江蘇巡撫丁日昌。六月二十八日，清廷下諭令命江蘇巡撫丁日昌赴津辦理教案，因其路遠，難以速至，又命工部尚書毛昶熙先赴天津。
怪的是，丁日昌接到諭令後，沒有立即趕赴天津，而是一直拖到七月十四日。當時，從蘇州到達天津需要十天左右，也是說，丁日昌是在馬新貽遇刺前十天離開了蘇州，並且剛好在刺馬案發生的前一天——也是七月二十五日到達了天津。一下船，丁日昌便直奔直隸督署，與曾國藩密談良久。正是在當天，江寧大雨，馬新貽閱射未能成行。
第二天，七月二十六日午，身在江寧的馬新貽被張祥刺殺於回府衙的路的時候，在天津，曾國藩正趕去回訪丁日昌，祕密交談了近一天。
第三天下午，馬新貽因傷勢過重而死時，曾國藩正在午睡，還在日記記錄當時的心情是“心不能靜”。丁日昌隨後趕到直隸督署，二人又是一番密談，直到深夜。
刺馬案後，丁日昌一直滯留在天津，直到朝廷讓曾國藩回任兩江總督的諭到達。當時曾國藩處理天津教案不當，“殘民媚外”，備受外抨擊，回任兩江總督能夠將他從泥潭拉出來，絕對是一件好事。但曾國藩與心腹反覆商議後，決定以身體多病爲理由，固辭兩江總督。不料朝廷的態度十分堅決，有病也必須去兩江。