但是永祿3年（1560年），越後國上杉謙信率領關東大軍包圍小田原城（小田原城之戰），資正叛變成爲上杉軍一方，從北條氏離反。
永祿7年（1564年），安房的裏見義堯應上杉謙信之邀揮軍下總，打算從背後騷擾北條氏。
太田資正亦率軍支持裏見軍，雙方在市川北方的國府臺決戰（第二次國府臺之戰），但裏見太田聯軍大敗。
所幸5月經由上總酒井胤治（自北條方叛變）的支援下，仍保住了巖付城。7月資正前往密會了裏見氏，但親北條派的兒子氏資在北條氏康的策劃下，趁機聯合北條氏將弟弟梶原政景幽禁，順勢佔領了巖付城，正式將資正追放。
永祿10年（1567年），太田氏資在上總國發生的三船山合戰中戰死。
由於氏資無子，北條氏便直接掌管巖槻城。天正8年（1580年），由北條氏直之弟太田源五郎繼任城主，在他逝世後則由另一弟弟太田氏房繼承。
至此，北條氏終於把巖付城徹底規入統轄之下。
歷史上很多人很奇怪，北條氏明明在老虎還在甲斐曬屁股的時候就已經佔據了尹豆、相模、武藏三國，之後更發展至上野和下總部分，爲什麼兜兜轉轉40年，卻還沒有擴大出去。
其實從北條氏處理太田氏的過程可見一斑，武藏這個地方實在是魚龍混雜，當地的武士太根深蒂固。
關東與信濃不同，信濃這邊主要是村上、小笠原等大名在，老虎打贏了這些敵人可以順勢接管領內。
而關東不論是上杉還是足利，當初都是被派到這裏監視關東諸侯的大名，類似於大陸古代的刺史，關東的本質依舊是在這些萬餘石左右諸侯統治之下的。
這也就導致即便北條氏攻滅的扇谷上杉氏，逼降了關東公方，依舊需要面對領內此起彼伏的降叛豪族。
換句話說就是，關東豪族在關東又有極大的話語權。
這也使得北條氏自氏康開始改變了蛇吞鯨的策略，改爲穩步推進，逐步消化的策略。
而從單單一個太田氏就消化了近20年來看，北條氏這樣的安排確實嚴重拖慢了北條氏擴張的步伐。
作爲後世者來說，不能說北條氏這樣的策略是對是錯，北條氏確實通過這樣的變化極大的加強了中央集權。
但是他的骨子裏依舊是分封體制，這就導致這個政體有些四不像。
在擴張或者勢力龐大的時候或許看不到問題，但是當秀吉和上杉謙信南下的時候才發現，這個政體居然集合了集權和分封兩邊的缺點。
如今，由於北條氏房在小田原城協防，巖槻城則由他的宿老尹達房實負責守備。
根據前面的情報，巖付城內有守軍400騎和農兵千餘人，根據歷史上的記載，人數應當不會超過2000人，而秀家這邊的兵力達到2.4萬衆。
巖付城的城防修築的非常有意思，他利用元荒川的舊河道，及河川中間的河間洲修築了一座三面臨水的城堡，西側沒有水堀的位置在外圍也學小田原城設置了總構作爲外圍防線，而在東側有一條小道，連接荒川對岸。
這座城修的非常漂亮，城防結構有點類似廄橋城。相比忍城城池各城垣更爲緊密，不想忍城那樣鬆散，即便失去了水堀的保護依然是一座堅固的平山城。
而且巖付城本是就建築在荒川邊上的土山上，而周圍都是平地，巖付城是周圍唯一的制高點，秀家也不能像忍城那樣站在制高點進行指揮作戰。
在這個荒川還沒有改道的年代，巖付城的好你想象不到，他既擁有絕好的地勢和地理位置，有沒有江戶城那樣頭痛的飲用水問題，以至於秀家在親眼見到此城的那一刻，就有了要將他作爲即將統治關東的本城的想法。
不過這一切都需要將巖付城拿下之後再說。
巖付城的守軍只有不足2000人，而秀家的兵力20倍於其，直接沿着荒川兩岸佈陣，13門火炮全部佈置在西側，對着巖付城直接炮擊。
同時鐵炮足輕、槍足輕在武士的指揮下從西側對其發動進攻，在上午就將外圍惣構擊破。
隨後陣地前移，秀家命令拆出惣構內的部分房屋，堆砌起2米高的炮臺以對巖付城本城進行炮擊。
進攻巖付城的主力部隊依舊由左久間盛政和小笠原秀貞負責，秀家炮火的支援下，當天傍晚時分就攻入巖付城大手口，進入三之丸。
秀家本想命令大炮前移，繼續對二至丸、本丸進行炮擊，不過守城的尹達房實也意識到自己守不住巖付城了，以切腹爲條件，請求換來全城的性命。
秀家確實欣賞這個人才，不僅准許了其保全全城性命的要求，更是許諾將其收爲家臣。
秀家本打算巖付城落成之後轉道向東攻略下總，但是就在這個時候石田三成從河越城送來書信。
在書信中讚揚了秀家忍城攻略的迅速，以及處置大道寺家的問題，秀家從他的字裏行間中看不出一絲情緒，好似只是在稱述事實和問題，但是秀家總覺得石田三成在怪罪自己。
秀家在讀完石田三成的信件之後總覺得過意不去，畢竟搞砸了別人的Show，因此回信說讓其考慮隨自己攻略下總的想法。
但是秀家沒想到，並沒有等到信件返回，反而分到了帶着關東諸侯的石田三成親自找上門來。