雖然這些年，朝廷深化軍事改革，大大減少文官對軍隊的干預，提高官兵地位，但始終沒有放鬆對軍隊的控制一一切軍需裝備、武器彈藥、以及糧秣餉銀，都由文官政府提供，軍隊不得插手。二通過對中高級軍官的頻繁調動，杯葛地方軍事集團的勢力。
這兩條都讓軍方深感不滿，尤其後一條，更觸動了遼東將門、宣大將門這樣的武將集團的根本利益，自然引起極大的反彈。但這些盤根錯節的地方將門世家，已經成爲文官政權存亡的最大威脅。
這顆毒瘤不得不割，晚割不如早割，若等到沈默不在位了，怕沒人敢動這一刀。所以在第二任首相任期內，他的力氣大都用在這上面。以沈默今時今日的威望，在他面前龍也得盤着，虎也得臥着，所以並未出現太大的反彈。然而成果只暫時的，反對者並非無力反抗，只在等待，等待他卸任，等待皇帝長大，等待最合適的機會罷了。
從這一年的春天起，就有很多人在猜測，首輔大人會不會再延長任期，畢竟大明朝還處在嚴冬期，危機隨時會降臨，他有充足的理由，將這個國家繼續守護下去。但也有很多刺耳的聲音在，首相大人要出爾反爾，定然想當皇帝。
輿論莫衷一，吵吵嚷嚷了一年，到了冬天，朝野的官員、士紳、學子、市民，紛紛聯名具折，上疏請求首輔大人留任。廷臣議會上，也有許多大臣提議，鑑於改革大業未成，作爲總設計師的沈默，應當無限期擔任首輔，自他以後，再執行十年任期制。並信誓旦旦的放話，絕對不會接受他的辭呈。
但在這一年臘月十二，沈默任滿十年週年之際，他在巡視天津衛時，突然向全國明發公告，宣佈自己任滿十年，自動卸任，無需向議會提交辭呈。在新首輔選定之前，由次輔王錫爵履行首相職責。
在所有人都沒反應過來的時候，他已經登上那艘等了多年的海船，離開了這片寄託他所有深情的熱土。
與他同行的，還有病入膏肓的戚繼光。老將軍纔剛六十歲，但多年征戰加上軍務操勞已經摧垮了他的身體。從前年起便不斷上疏乞骸骨，今年冬裏，他已經臥牀不起，唯一的心願就想死在山東老家。所以沈默不得不接受了他的辭呈，並特意讓人將他從遼東接回，準備親自送回登州去。
病牀上，老將軍瘦成了一把骨頭，哪裏還有一點戰神的影子，沈默握着他的手，潸然淚下道：“元敬，我害了你，要不把你放在天寒地凍的遼東，你也不至於病成這樣”
“區區殘軀何足掛齒”戚繼光笑笑，喫力道：“只沒有完成大人的囑託，繼光死不瞑目啊”