自從空間折躍技術出現後，人類便進入了星際大航海時代。地球聯邦經過千年探索，已經擁有五大星域百顆類地行星，上千億人口。文明的擴張總是伴隨着無盡的殺戮，在強大的武力面前，弱小的種族只有臣服和湮滅兩種選擇。格羅夫人和庫斯卡人能加入地球聯邦，不僅是他們能學會人類的語言，還有那與人類一般無二的形態。更多的星際種族徹底消失了，只因爲他們和人類在外表上毫無相似處。那時的人類是最驕傲的，他們甚至認爲自己是這宇宙中最強大的種族。
過度的傲慢總要付出代價，人類在開闢第六星域時，遇到了一個噩夢般的種族——扎卡蟲人。蟲族讓人類見識到了什麼纔是真正的戰鬥種族，它們不需要藉助任何科技，僅憑強大的肉體，就能戰勝一切。巨型機甲、單兵裝甲這些地面作戰裝備曾經幫助人類佔領了一個又一個星球，然而在蟲族面前卻是那樣的不堪一擊，人類的星域開拓軍只能狼狽地逃回星際母艦。
噩夢並沒有結束，身在太空的星際母艦並沒有逃過蟲族的追殺。就在母艦準備空間折躍，返回第五星域時，扎卡蟲人乘坐母巢追到了太空，之後，遮天蔽日的扎卡蟲羣離開母巢撲向星際母艦。母艦的巨炮雖然可以輕易擊毀母巢，但面對這恐怖的蟲海，也只能含恨而終。
第六星域開拓隊的全軍覆沒並沒有引起聯邦政府的足夠重視，他們認爲，只要放棄第六星域的開發計劃，蟲族的威脅自然就解除了，蟲族沒有折躍技術，不可能通過時空錨點進入第五星域。然而，很快，出現在第五星域守備隊面前的超級母巢狠狠地打了聯邦政府的臉。
不到一年，聯邦第五星域三十顆居住行星一大半被扎卡蟲族佔領，聯邦軍隊節節敗退，直到此時，聯邦政府才真正感覺到了人類滅絕的危機。因爲，第五星域有通向剩餘星域的錨點，要是第五星域淪陷，蟲族就將入侵其他所有星域，那時，人類就真的是毫無抵抗能力了。於是，聯邦開始戰爭動員，各星域的戰爭潛力被充分挖掘，兵員和裝備源源不斷地涌向第五星域，新式的裝備也隨着對蟲族的深入研究被開發出來，人族的抵抗變強，自然讓蟲族對第五星域的突進速度變緩。
不過，好景不長，沒過多久，人類發現，原先和自己交手的那些僅靠肉體的蟲族變少了，能噴火的、噴酸的類似坦克飛機的重型蟲人出現了，而且，蟲族的進攻也不再是一窩蜂似的蟲海衝擊戰術了，步坦協同之類的戰術越來越多的被應用。在第五星域每一個人類與蟲族交戰的星球上，戰士們都能清晰感覺到蟲族的巨大變化。種種跡象表明，蟲族在以驚人的速度進化着，這個恐怖的事實，再一次打擊了人類的心靈，現在人類已經在如此艱難的抵抗了，那等到蟲族進化的更加強大，我們還有獲勝的希望嗎？
這個糟糕的發現，開始變成事實，隨着蟲族進化的完成，人類的抵抗越來越難，原先蟲族放緩的進攻速度又變快了，沒多久，第五星域超過七成的行星被攻佔。聯邦政府見大勢已去，命令軍隊全線回縮，集中到卡爾文行星上，準備在這裏做最後一搏。
卡爾文行星處在第五星域咽喉位置，一旦淪陷，基本宣告第五星域落敗，到時，蟲族大軍便會長驅直入聯邦其他星域，這裏是聯邦軍隊最後的機會了。蟲族自然不會放棄進攻，就在聯邦軍隊集結完沒幾天，蟲族超級母巢便已經到達卡爾文星外太空。這次，扎卡蟲人可以說是全軍出動，在地面上的聯邦軍隊看着頭頂上蟲族落下的密密麻麻的蟲巢，內心只剩下絕望。他們還是低估了蟲族，它們不僅進化速度快，連繁殖能力都這麼強。原先，第五星域面對的蟲族數量和現在比，已經相差了數十倍，人類真的要滅絕了！
在蟲巢投送卡爾文星的那一刻，戰爭便已經打響，地面的聯邦高空防禦部隊瘋狂地攻擊着那些巢穴，然而數量實在太多，很快蟲巢便登錄卡爾文星，飛蝗似的蟲羣出現，聯邦的裝甲步兵在戰術機甲的火力支援下，與蟲羣撞在了一起，這
一刻，聯邦士兵們只想在死之前，能多少幾隻蟲子。
雙方在卡爾文星上殺得難解難分，聯邦士兵憑着置之死地而後生的氣勢，艱難的抗下了數倍於己的扎卡蟲人。但是，事物是不以人的意志爲轉移的，人類的抵抗，終究也只能延緩蟲族攻佔卡爾文星的速度，除非奇蹟的出現，這可能是士兵們此刻最真實的想法。
也許，真的是士兵祈禱的作用，卡爾文星的外太空憑空來了只人類從未見過的艦隊。它剛出現，便是一記湮滅打擊，將蟲族在外太空的超級母巢完全抹除，隨即，艦隊穿過卡爾文星的大氣層，進入雙方交戰的空域。這新出現的艦隊，並沒有引起人類的過多關注，地面的蟲族已經應付不過來，天空再多出什麼，也影響不了戰局。不過，這對蟲族來說，卻是一個大問題，很多戰士發現，自那艦隊出現在天空的那一刻，這些蟲人像是發現了刻骨銘心的仇人一般，仰頭朝着對方嘶鳴，給人的感覺，那是一種深入基因的仇恨，不管傳承多少代，都要將對方徹底抹除的仇恨。
人類戰士不知道發生了什麼，不過自然不會放過這個輕鬆收割的機會，賣力的斬殺着這些不反抗的蟲族。天空上的那隻艦隊也開始做出迴應，幾艘浮空艦分工明確，高能武器分別掃向天上和地上的蟲族，被掃中的蟲人紛紛化爲焦土。在天空和地面的雙重打擊之下，缺少了外太空超級母巢的支援，卡爾文星的蟲人部隊很快便被消滅了。
這一刻，卡爾文星聯邦軍隊才認識到，他們這最後一搏，給自己贏得了喘息的機會，而且，天空中的艦隊，雖然不是朋友，但是敵人的敵人，總是有機會合作的嘛。艦隊在消滅完蟲人之後，並沒有就此離開，而是在空中停了一段時間後，其中一艘類似指揮艦向着人族軍事基地的方向降落下來，同時，向人族的基地發送對話請求。卡爾文星的最高指揮官巴頓接受了請求，並和對方進行了一次祕密談話。隨後，人類軍隊收到命令，全軍在卡爾文星休整，等待下次命令。
巴頓在那次祕密談話之後，馬上聯繫了聯邦政府，隨後，政府最高要員與神祕艦隊之間又一次展開了會談，瞭解了對方的身份和目的之後，雙方進行了激烈的談判，最終，由巴頓向卡爾文駐軍解釋了艦隊的來歷。聯邦軍隊才知道，這支艦隊來自亞特蘭蒂斯帝國，那是一個很強大的星際國家，他們出現在這裏是爲了對抗蟲族，在之後的行動中，會由這隻艦隊協助軍隊解放第五星域淪陷區。接下來，卡爾文星的駐軍第一次見到了亞特蘭蒂斯人，他們如同傳說中的精靈一般，皮膚如雪，眼睛散發光芒，每一個都是俊男靚女。
卡爾文星勝利的消息很快傳遍聯邦星域，民衆士氣大振。聯邦政府同時還發布了將與外星域文明亞特蘭蒂斯帝國展開全面合作，共同抵禦蟲族入侵的公告，一時間，亞特蘭蒂斯人還沒出現在聯邦民衆的視線裏，就已經贏得了人民的好感。
其實，亞特蘭蒂斯軍方的心裏恨不得把地球聯邦整個抹除掉，帝國與蟲族之間的恩怨持續了幾萬年，本來，帝國在西部星域與亞基蟲人的對抗已經很是喫力，結果，不久前，東部星域的巡邏隊發回消息，萬年前，帝國花費巨大代價製造的東部封鎖帶出現了防護漏洞。地球聯邦的探索隊莫名在第六星域建立時空錨點，將封閉在這裏的扎卡蟲族放了出來的。這樣一來，一旦扎卡蟲族攻陷地球聯邦，它們就可能通過位於地球附近的錨點進攻帝國東部星域。到時候，兩隻蟲族東西夾擊之下，即便是強大的帝國也阻擋不了。最終，經過議會討論，制定了扶持地球聯邦抵擋扎卡蟲人的計劃，爲達目的，帝國甚至願意給地球聯邦提供數千項軍事三代技術。
至此，亞特蘭蒂斯帝國與地球聯邦在各自的小算盤下，成立了聯盟。在帝國艦隊的幫助下，聯邦軍隊收復了一部分失地，等到蟲族重新集結起大軍後，雙方便開始在第五星域展開了拉鋸戰。這次，在帝國的技術支持下，聯邦與扎卡蟲人打的有來有回，就這樣持續了百年。