聯邦科學院爲了發展人工智能，於是就參考了其它的外星種族，可所有的外星種族都沒有過於提升機械的智慧，他們控制戰艦也使用生物電波來控制。
爲了防備人工智能叛亂誕生出機械怪這樣的物種，人類也開始尋找更多的方法來防止並馴服人工智能。
就像人類最初接觸火時，也只是將火當作是危險的事物，後來人類懂得了如何創造並馴服火之後，人類開始在自然界裏漸漸站穩腳跟。
人類的態度擺明了他們的目的，他們看中了人工智能的巨大價值，他們絕對不會放這門領域的開發。
沃坦人就是放棄了人工智能領域，結果聯邦就依靠比沃坦人先進的技術將沃坦人給比了下去。
如果遇到眼前的困難就退縮的話，那聯邦還談什麼在銀河中給人類爭奪一席之地。
知曉機械怪會進化，人類一方開始着手應對這種強悍的挑戰。
人類一方並無多少恐懼，就算機械怪很強，人類一方也是有備而來，實力相比於機械怪是隻強不弱，只要趁機械怪沒有進化成更強悍的物種前就立刻消滅掉。
聯邦軍一方有超越核武的量子湮滅炸彈，還有共生靈覺醒者們。量子湮滅炸彈可以迅速湮滅掉任何機械怪，而共生靈的突然襲擊就可以將機械怪給輕鬆消滅掉。
尤其是共生靈之中的金屬靈，這種操控金屬的共生靈貌似是機械部隊的剋星，使用能力可以輕鬆將機械怪從內部破壞。
這些都是機械怪不能應對的，也絕對無法應對的。
所以聯邦軍總部開始派遣覺醒者，包括許多新的覺醒者們也一起加入了地下世界的征伐中，提升作戰經驗。
覺醒者加入後，聯邦軍總能夠快速殲滅大量的機械怪並奪取機械怪盤踞的城市，有效減少了部隊的巨大傷亡。
在進攻4號城市時，聯邦軍再一次跟超大型機械怪交上了手。
超大型機械怪開始變形時，共生靈們可以輕鬆穿過機械怪，來到機械怪的核心區域施展能力進行破壞，讓機械怪從內部崩解。許多超大型機械怪在對聯邦軍進行攻擊前，內部就已經毀傷嚴重，使用任何手段都不能阻止。
聯邦軍士兵可以輕鬆看見高聳入雲的機械怪突然內部出現巨大的爆炸，全身冒出巨大的黑煙，整個機械怪發出巨大的慘叫，最後無力的栽倒在地上爆發出轟鳴的響聲，沒有了任何動靜。
給聯邦軍帶來慘重代價的超大型機械怪就這樣死了，死在了神不知鬼不覺的共生靈手上。
聯邦軍開始攻佔一座座城市，有些城市就和地下城市號的機械怪一樣性情較爲溫和，和普通的動物沒有任何區別，聯邦沒有刺激這些城市的機械怪，直接在城市周邊建立起了考察站就了事。
但大部分城市的機械怪破壞性很大，聯邦軍要花費不少代價才能清除。
在行動中，聯邦軍收穫的技術也逐漸增多，速度比猿族快了不少。
相反猿族在進攻城市的時候遭遇的阻力太大，因爲他們沒有量子湮滅炸彈那種高級武器，也沒有共生靈的那種巧勁，每一次作戰都是硬碰硬，導致每回的攻勢都會被機械怪給打回去。
遭遇超巨型機械怪後，機械怪全身的激光炮同時指向地面，如同暴雨一般的光束猛然擊發，將成千上萬的綠皮獸人瞬間氣化。而遭遇攻擊的綠皮獸人不是和猿族一起躲避敵人，而是一股腦兒的向巨型機械怪衝去，一邊衝鋒一邊用五花門的武器攻擊巨型機械怪。
猿族在拼命，人類一方也在努力。
攻下了4座地下城市後，聯邦軍突然發現他們面對機械怪的攻擊要頻繁了許多。機械怪的攻擊將聯邦軍給趕出了地下城市4號。
在付出了三千多人的傷亡後，聯邦軍成功反攻地下城市4號，並擊潰了數股機械怪發起的攻擊，爲了不讓機械怪在戰爭中不斷進化，聯邦軍是讓機械怪有來無回，快速進攻，快速的消滅掉機械怪，讓機械怪來不及進化。
在攻下地下城市號之後，聯邦軍在機械怪裏面發現了許多有用的東西，機械怪的體內有着不少的能量塊。
機械怪體內的紫色能量塊是一種可以儲存龐大電量的新型材料，該材料的熔點、硬度都很高，主要成分是由鋁元素構成，而鋁元素的原子排列也很因爲非常奇特使得能量塊的材料不具有導電性，卻具備龐大的蓄電性。
不僅僅是能量塊，聯邦軍在機械怪的體內發現了不少的冷核聚變反應爐。大型的機械怪會合成了一種氫元素的同位素，這種同位素可不是氕、氘、氚，而是一種新的同位素。機械怪用這種新式同位素來進行冷核聚變，同時用超強磁場束縛起來，確保冷核聚變的安全性。
許多機械怪內部都有這樣的能量塊作爲備用能源，冷核聚變作爲主要能源，機械怪續航性和戰鬥力都比聯邦軍的武器要強的多，機械怪戰鬥力也比聯邦軍部隊的戰鬥力強。
擁有能量塊和冷核聚變技術對於聯邦而言實在是太重要了，對於現今的聯邦軍而言，戰艦可以建造的更小，但武器的威力卻更加強大，能源系統不會佔巨大的空間，可以給戰艦內部騰出更多的空間，戰艦內部的各項系統的功能會有不小的提高。
聯邦軍現今有很強的科學技術，能夠將該能量塊和冷核聚變反應堆給製作出來。
一系列的新發現預示着聯邦軍將會更加強大。
但隨着聯邦軍遭遇的機械怪越來越多，聯邦軍對覺醒者的需求也越來越多。
可聯邦軍掌控的覺醒者數量太少，這迫使蕭羽智開始加速對胡鳴的抓捕，沒有解碼器，光憑土辦法是不能夠滿足地下世界的作戰需求。
然而李毅的到來給了蕭羽智巨大的機會。
李毅來到了西南大陸後，就祕密派人前往了聯邦。
聯邦將這人祕密帶到聯邦，從這位覺醒者的口中，蕭羽智得知了李毅現在的情況。
李毅在來到西南大陸以後就開始和蕭羽智祕密聯絡，這讓一直不能輕舉妄動抓胡鳴的蕭羽智等到了希望。
李毅專門負責給蕭羽智提供情報和覺醒者，李毅的要求很簡單，那就是幹掉胡鳴獲得自由，沒有什麼東西比自由更加珍貴，並且希望蕭羽智能夠給李毅一官半職，繼續爲新建立的聯邦服務。
蕭羽智准許，他會讓李毅統帥一支覺醒者部隊，部隊裏全都是他的老部下。
這讓李毅放心了許多，願意死心塌地跟蕭羽智幹。
但蕭羽智也做出了警告，一旦李毅將解碼器據爲己有，跟聯邦作對，那聯邦將會不惜一切代價剷除背叛者。
蕭羽智陪李毅繼續給胡鳴演戲。
這戲演的很棒，聯邦境內發生了太多的恐怖襲擊事件，許多的設施都被單兵核武器炸燬。
李毅對蕭羽智展開的破壞非常恐怖，這可讓胡鳴非常滿意，他決定就讓李毅進行對聯邦軍的破壞行動。
可實際上呢設施是蕭羽智建造的假建築，根本就沒有任何的價值。
至於李毅的部隊在恐怖活動中死了很多的人，胡鳴以爲李毅的覺醒者們戰死了不少。結果李毅的很多覺醒者們全都跑到了蕭羽智的陣營裏，李毅和蕭羽智聯合僞造了覺醒者的死亡。
蕭羽智的覺醒者們開始飆升，數量迅速達到了一千多人。