莉莉的分裂體不光消滅了星球上所有的守軍，更消滅了不少沃坦人的指揮高層，高級將領的大量死亡瞬間就讓沃坦人的指揮體系混亂不堪，除了前線在和聯邦軍交戰的主力外，遭遇莉莉攻擊的地方基本上是全亂了。
指揮體系的混亂給了納米機器人巨大的機會，它們開始成羣結隊向沃坦人的基地發起攻擊，不費吹灰之力就消滅基地的守軍，開始了蕭羽智蓄謀已久的計劃。
沃坦人的情況接着惡化下去，和莉莉的植物大軍一起從地下鑽出來的還有無數的納米機器人聚合團，一團團巨大的聚合糰子開始向沃坦基地涌去，這羣糰子是和分裂體一樣都隱藏在地下許久，沃坦人一直沒有發現。直到蕭羽智發送信號啓動對敵人的打擊後，分裂體和納米機器人這才運作開始對沃坦人實施進攻。
許多停泊在船塢的沃坦戰艦都是無人艦，都正被莉莉的植物給死死纏住。
在大本營的沃坦人高層一片混亂的時候，納米聚合團開始侵入沃坦戰艦，替換掉沃坦戰艦的核心部份，奪取沃坦戰艦的指揮權，使之成爲聯邦的戰艦。
聯邦對沃坦艦隊這麼瞭解，也是因爲在和沃坦人大量的戰鬥中，覺醒者小隊附身了大量的沃坦人戰俘，從中得知了沃坦人不少的情報，這纔敢有納米聚合團去侵蝕控制沃坦人的戰艦。
蕭羽智讓沃坦人佔領自己的星球，除了保存聯邦的實力外，就是要搶沃坦人的戰艦。
每一顆星球上的沃坦戰艦成爲了蕭羽智的戰艦，在蕭羽智的指揮下開始升空作戰。
看着一艘又一艘的侵蝕戰艦起飛，蕭羽智平靜道：“你們的軍隊現在歸我”
“控制所有的侵蝕戰艦，我們開始反攻殺光所有的沃坦人”
納米機器人不光侵蝕着戰艦，還侵蝕着星球上的基地，調集基地的武器來攻擊外太空的那些沃坦戰艦。
沃坦人在太空也有不少的太空基地，在遭遇攻擊後，基地上停泊的沃坦艦隊緊急出動，來到指定的位置攻擊星球上出現的植物。
莉莉的植物兵團雖然強，但很脆弱，沃坦艦隊在短時間內就會清除掉所有的植物。
但星球上的基地突然向艦隊和太空基地開火，將戰艦和太空基地化作了太空塵埃，惹得不少沃坦士兵大罵地表基地的守軍究竟是在幹什麼，居然打起了自己人。
可他們隨後就意識到他們的基地已經被佔據，不少的防禦武器已經落入了敵人的手上。
然而好景不長，星球上大量的戰艦依次升空，開始對他們展開最後的收割。
起初那些在遭遇防禦武器痛打的沃坦艦隊以爲是升空的戰艦是援軍，是從淪陷的基地裏逃出來的。但這些已經被侵蝕的戰艦在向沃坦人發動攻擊時，沃坦人這才明白這些艦隊不是他們友軍，已經是他們的敵人。
敵人還不少，足足有成千上萬，這些進攻聯邦的武器反倒成爲了聯邦殺光沃坦人的寶刀。
納米機器人入侵完成後，所有的侵蝕戰艦在植物兵團的掩護下全部升空，哪怕是一艘沒有武器的戰艦也被用來撞擊敵人。每一顆小星球上停泊着三萬到十萬不等的沃坦艦隊，數十顆小星球的侵蝕戰艦加起來足足超過了八十多萬之多
這大概是炎黃聯邦自成立後最大的一次擴軍吧。
納米聚合團侵蝕掉所有的戰艦後，蕭羽智發起了進攻：“讓我們展開對沃坦艦隊的屠殺”
蕭羽智不止一次向沃坦人主動聯繫過，希望能夠結束戰爭，大家相互合作各取所需。
但結果呀，卻是熱臉貼在冷屁股上，沃坦人不僅回絕了蕭羽智，還唾罵蕭羽智他們人類是惡魔，該下地獄的雜種，着實讓蕭羽智碰了一鼻子灰。
“雖然我不知道你們跟我們人類有什麼仇，但你們要殺我，我豈能把脖子挺着讓你們來砍”見敵人不懷好意，蕭羽智決定不給他們好臉色，“那就全部殺了吧，別到時候打到老巢又要來求我。”
八十多萬侵蝕戰艦和植物軍團升空之後，很快就將星球周圍殘存的沃坦宇宙艦隊給掃蕩乾淨。
蕭羽智控制這八十多萬艘戰艦向數個地方集結，然後向沃坦主力艦隊撲去。
整個星空全是聯邦清一色的侵蝕艦隊，這股大軍的戰力勢不可擋。
聯邦要打一場規模宏大的包圍殲滅戰，打敗沃坦主力，然後趁勢殺向敵軍的老巢。
而另一方面，聯邦最大戰艦“遠征號”在安裝了新式的武器之後，和數支艦隊一起向沒有遭遇植物和納米聚合團打擊的星球駛去，要將沃坦人的殘餘勢力也給消滅乾淨。
一場規模巨大的殲滅戰開始。
正在跟聯邦主力艦隊打得正火的沃坦主力艦隊，在見到後方出了那麼大的亂子，完全沒有了和聯邦主力繼續打下去的動力。
很明顯，保存實力纔是首選，不能讓人類艦隊打一場規模巨大的殲滅戰。
沃坦艦隊指揮官沃塔爾果斷指揮艦隊撤退，向沒有遭遇地方攻擊的沃坦領地撤退，和領地內的沃坦艦隊一起阻擋聯邦艦隊的猛攻。
這時，人類一方突然聯繫上了沃坦主力艦隊。
“尊敬的沃坦帝國，我是聯邦軍的最高總指揮蕭羽智，你們現在已經戰敗，你們現在能選的道路只有兩個，一個是被我們消滅，另一個就是投降並上繳所有的技術，聯邦將會保證所有沃坦人的生命安全。”
“愚蠢野蠻的人類，我們沃坦人是不會再一次屈服於你們，最後的勝利者一定是我們沃坦帝國，你們人類一定會被我們沃坦人給殺光”沃坦人沃塔爾做出了他們的選擇，他們就算全部戰死，也不會做投降的懦夫。
“如你所願，我將帶給你們死亡”蕭羽智下令發動全面攻擊。
侵蝕戰艦中有不少是給聯邦帶來巨大威脅的奧伽戰艦，奧伽戰艦在聯邦軍的指揮下向沃坦主力艦隊發起攻擊，侵蝕奧伽戰艦集結起來後就快速來到了沃坦主力艦隊面前。
聯邦控制侵蝕者奧伽戰艦連續不斷攻擊沃坦主力艦隊，沃坦主力艦隊頓時遭遇了巨大的壓力，聯邦軍是狠狠的報復了沃坦人。
自家人熟知自家事，沃坦人清楚奧伽戰艦的威力，該戰艦的速度太過快速他們追都追不上，要追上就只有用那些沒有被侵蝕的奧伽戰艦。
可主力艦隊此刻正用奧伽戰艦阻擊聯邦主力艦隊，聯邦主力艦隊開始發動反擊。攻勢非常兇猛。
沃塔爾只能夠壯士斷腕，犧牲很多的艦隊去阻擊侵蝕艦隊羣，然後率領其餘的艦隊返回沃坦領地。
在聯邦軍主力和侵蝕艦隊羣的威脅下，源源不斷的沃坦艦隊被犧牲掉，已經有近有一半的沃坦艦隊被沃塔爾給犧牲掉。
但所幸，沃塔爾的犧牲換來了沃坦主力沒有被人類全殲的風險。
沃塔爾本來想快速撤退到友軍領地，和友軍一起阻擋聯邦的攻擊。
但領地內的友軍很快便向沃塔爾緊急聯絡，友軍喋喋不休，說他們會盡量拖住聯邦進攻的步伐，讓沃塔爾趕緊率領主力部隊返回大本營。
沃塔爾想知道是怎麼一回事時，友軍向他發送了許多觀測圖像，圖像上是沃坦人最爲熟悉的鉅艦“遠征號”。