第三种传闻是张祥“为天地会复仇”说。 .
传闻说，张祥曾经是湘军鲍超部下。鲍超是有名的湘军将领，其部号称“霆字营”，为湘军主力，不过军纪败坏，经常公然掠夺地方民众，号称“所过残灭如项羽”。张祥加入霆字营后，由于作战勇猛，受到鲍超赏识，被提拔为新兵营哨官。当时湘军内部时兴结盟自保，不少人都是哥老会成员，霆字营也有哥老会组织，张祥加入了哥老会，并成为一个小头目。湘军后期，霆字营受哥老会煽动，在湖北金口闹饷，发生哗变。张祥趁乱逃到天目山，躲进一座寺庙里。刚好寺庙长老是天地会首领，以出家人的身份做掩护，指挥山下的天地会从事反清复明的活动。张祥知道真相后，加入了天地会。后来马新贻任浙江巡抚，在宁波、台州大肆“剿匪”，捕杀了不少天地会成员。寺庙长老十分痛心，便委托张祥杀马新贻为天地会会友报仇。
这是第一个公然将刺马案与湘军联系起来的传闻，这是我认为较靠谱的一个版本。
第四种传闻是“洋教”说。
传闻说，马新贻在海与小刀会作战时受了伤，在董家渡医院治疗时受洗加入了天主教。他任两江总督后，与法国天主教江南教区的主教郎怀仁来往密切，关系极为特殊。安庆教案发生后，法国驻华公使罗淑亚到江宁同马新贻交涉，马新贻对罗淑亚极其友好，一切照法国人的要求办理。事后，马新贻与安徽巡抚英翰联衔发布告示，极力宣扬天主教的善行，劝人维护外教，并勒石竖碑保卫天主教。马新贻又派兵保护在江宁等地的天主教堂。同治九年（1870），江宁发生反洋教活动，组织者是提督陈国瑞。陈国瑞还得到了江苏布政使梅启照的暗支持，帮助印刷了大量宣传传教士残杀国幼童的材料。马新贻知道后十分生气，派兵捉拿陈国瑞。陈国瑞逃离江宁，经扬州到天津，参加了反洋教的活动，并得到了醇亲王奕的支持。天津教案发生后，法国传教士及驻华公使公开以武力威胁，要求惩办陈国瑞，但由于醇亲王的庇护，被军机处敷衍过去。马新贻被刺杀后，传教士反应强烈，镇江城里的传教士还公然为他搞悼念活动。刚好张祥供词有“养兵千日，用兵一时”的说法，又因为如没有内线指引，张祥根本无法进入马新贻由校场回署的箭道，不可能在光天化日之下、在刀枪林立之，一刀杀了两江总督大人。于是，江宁城又流传着是醇亲王奕和陈国瑞指使张祥刺杀了马新贻。而更为离的是，陈国瑞后来被发往黑龙江齐齐哈尔当差，于光绪八年离死于黑龙江戍所，风传他是被人杀死。
曾国藩本人是在天津教案栽了个大跟头，与洋人有关的一切都令他避之如虎。而醇亲王奕是恭亲王奕?亲弟，慈禧太后亲妹夫，正受太后力捧，广结八旗子弟，整顿神机营，隐有制约湘、淮两军的用意，是个绝对碰不得的人物。因此对于这个版本的故事，他不愿意相信，也不敢追查。
第五种传闻是“督抚不和”说。
传闻说，是江苏巡抚丁日昌花三千两银子买通张祥，谋杀了马新贻。
江苏巡抚为两江总督下属，管辖苏州、松江、常州、镇江四府和太仓直隶州，驻在苏州。之前，太湖水师哨勇徐有得、刘步标陪同哨官王有明到苏州看病。当晚，徐有得、刘步标二人闲逛妓院，刚好遇到丁日昌族人都司丁炳、范贵等人。双方因为争夺一名美貌妓女起了冲突，打起架来。刚好苏州亲兵营游击薛荫榜带兵巡夜，将滋事的双方都抓了起来，各打四十军棍，以示警戒。偏偏徐有得很不服气，结果又被加打了四十军棍。这件事此了结。
不料四天后，徐有得伤重而死，事情一下子闹大了。江苏巡抚丁日昌为了表示自己公正，主动奏，自请议处。此时他还不知道当天晚在妓院参与打架的还有自己的儿子丁蕙蘅（时为候补道员）和侄子丁继祖，后来知道事情经过后，后悔莫及，但也无可奈何。
朝廷将案件交给了两江总督马新贻处理。马新贻接案后，倒也十分认真地秉公处理，但丁蕙蘅始终不肯来江宁投案，派人前去传唤，丁日昌则推托说儿子夜里越墙逃匿，不知去向。而实际，许多人亲眼见到丁蕙蘅在巡抚衙门进进出出，毫无顾忌。这期间，丁日昌多次向马新贻请托，希望他高抬贵手。马新贻认为丁蕙蘅拒不投案是故意藐视自己，又因丁日昌是曾国藩亲信，十分警惕，置之不理。是从这个时候，“督抚不和”的故事开始广为流传。
由于丁蕙蘅拒不到案，此案拖了将近一年也无法结案。马新贻十分恼怒，决定强行结案，将丁炳、薛荫榜、丁蕙蘅、丁继祖等人都处以革职，并判出款一万两白银以安置死者。丁蕙蘅仗着父亲是江苏巡抚，坚持不肯归案，马新贻也有办法处理，奏请交朝廷议处。
以全部是真事。四十天后，马新贻遇刺。最可疑的是，马新贻遇刺当天的阅射，按照惯例总督和巡抚都要参加，但江苏巡抚丁日昌却并未到场。他已经在刺马案发生前夕自苏州赶赴天津。
不过，丁日昌赶赴天津却是奉旨所为。当时，曾国藩处理天津教案不力，被全国下痛骂，曾国藩感到难以支撑，便奏请求另派大臣赴津协同办案。于是清廷选了有“洋务能员”之称的江苏巡抚丁日昌。六月二十八日，清廷下谕令命江苏巡抚丁日昌赴津办理教案，因其路远，难以速至，又命工部尚书毛昶熙先赴天津。
怪的是，丁日昌接到谕令后，没有立即赶赴天津，而是一直拖到七月十四日。当时，从苏州到达天津需要十天左右，也是说，丁日昌是在马新贻遇刺前十天离开了苏州，并且刚好在刺马案发生的前一天——也是七月二十五日到达了天津。一下船，丁日昌便直奔直隶督署，与曾国藩密谈良久。正是在当天，江宁大雨，马新贻阅射未能成行。
第二天，七月二十六日午，身在江宁的马新贻被张祥刺杀于回府衙的路的时候，在天津，曾国藩正赶去回访丁日昌，秘密交谈了近一天。
第三天下午，马新贻因伤势过重而死时，曾国藩正在午睡，还在日记记录当时的心情是“心不能静”。丁日昌随后赶到直隶督署，二人又是一番密谈，直到深夜。
刺马案后，丁日昌一直滞留在天津，直到朝廷让曾国藩回任两江总督的谕到达。当时曾国藩处理天津教案不当，“残民媚外”，备受外抨击，回任两江总督能够将他从泥潭拉出来，绝对是一件好事。但曾国藩与心腹反复商议后，决定以身体多病为理由，固辞两江总督。不料朝廷的态度十分坚决，有病也必须去两江。